Doctor por la Universidad de Extremadura en la especialidad de Arqueología. En 2004, se incorpora como Ayudante de Investigación al Instituto de Arqueología (CSIC). De forma paralela a su actividad profesional, su trayectoria investigadora se ha integrado dentro de una línea centrada en el estudio de distintos caminos que se entrecruzan: los precedentes, consolidación y orígenes de la gestión de la arqueología como disciplina científica, la exhibición del Patrimonio Arqueológico a través de las Exposiciones Internacionales y Universales, el impacto de la arqueología en la sociedad a través de la creación de elementos identitarios o el surgimiento del turismo arqueológico, entre otros aspectos. Esta línea está consolidada en el Instituto de Arqueología, a través del desarrollo de distintos proyectos de investigación competitivos a nivel regional, nacional e internacional en los que se ha integrado Carlos J. Morán.
Ha publicado varios artículos, capítulos de libros y tres monografías: Piedras, ruinas y antiguallas... (2009); Memoria arqueológica y social de dos escenarios romanos...(2018) y, junto a Antonio Pizzo, Fernando Rodríguez, dibujos de arquitectura...(2015).
La participación en distintos proyectos de investigación y la invitación a colaborar en distintas obras colectivas completan su experiencia investigadora. Evidencia de esta experiencia investigadora es la participación dentro de comités de publicaciones especializadas como Archivo Español de Arqueología, Mytra o Ataecina, o las colaboraciones como evaluador externo de otras revistas, así como la invitación como conferenciante en diversos foros y profesor invitado en cursos de formación no reglada.
Ha afrontado distinta