NHD Juan Francisco Martínez Rojas es Doctor en Historia de la Iglesia por la Pontificia Universidad Gregoriana; Diplomado en Archivística por la Escuela Vaticana de Diplomática y Archivística; Diplomado en Arqueología Cristiana, por el Pontificio Instituto de Arqueología Cristiana de Roma. Canónigo Archivero Diocesano desde el 28 de junio de 2002. Delegado Episcopal de Patrimonio y Relaciones Culturales. Premio Cronista Cazabán de investigación histórica 2002.
Fue elegido Consejero de número del Instituto de Estudios Giennenses en 2003. Es Miembro del Grupo de investigación HUM-669 Humanismo Giennense (s. XV – XVII); Secretario de la Asociación de Archiveros de la Iglesia en España para la defensa y conservación de su patrimonio documental (2007); Deán–Presidente del Cabildo Catedralicio de Jaén ( 2007); Académico Correspondiente de la Real Academia de Bellas Artes y Ciencias Históricas de Toledo (2008); Presidente de la Comisión de la Catedral de Baeza; Medalla de Andalucía (2011); Medalla al Mérito de la Real Academia de Bellas Artes de Nuestra Señora de las Angustias (2011).
Es autor, entre otras publicaciones, de Incunables e impresos latinos en las Bibliotecas de Jaén: Jaén, Instituto de Estudios Giennenses. 1994 (en colaboración con J. Higueras Maldonado y J. Moreno Uclés), de los primeros proyectos de fundación del Seminario Conciliar: Episodios de la vida religiosa en Jaén postridentino, Jaén 1997, Aproximación a la historia de la Iglesia en Jaén, Jaén 1999, Historia de la diócesis de Jaén [volumen 8 de la colección Historia de las diócesis españolas], Madrid 2003, El episcopado de D. Francisco Sarmiento de Mendoza (15
