Sí, aunque no un sí rotundo. No podemos verlos con nuestros ojos ni con microscopios ópticos. Sí podemos "verlos" con los microscopios de barrido electrónico y los de fuerza atómica. Los primeros tienen una sonda formada por una aguja cuya punta mide sólo un átomo. Ésta se coloca a una distancia de 1 nanómetro (0,000000001 metros) del material a explorar y se aplica una corriente eléctrica que genera una tensión de un voltio entre sonda y superficie. Al barrer ésta, la aguja reproduce la topografía atómica de la muestra. Este microscopio sólo sirve para sustancias conductoras de electricidad; para las aislantes se emplea el de fuerza atómica, que usa la información obtenida cuando los electrones que emite son repelidos por las nubes electrónicas de los átomos de la superficie. Se genera una imagen de lo que es el átomo, que podemos observar en la pantalla.
Los microscopios ópticos utilizan luz visible para formar imágenes y ampliar la muestra que se está observando. Sin embargo, los átomos tienen dimensiones del orden de los picómetros (billonésimas de metro). La luz visible tiene una longitud de onda mucho mayor, del orden de cientos de nanómetros (mil millonésimas de metro). Por tanto, la luz visible no puede interactuar directamente con los átomos para formar imágenes nítidas.
